1897an Aquilino Amezuak organo berri bat eraikitzeko kontratua sinatu zuen. Jatorrizko organo barrokoaren kutxa ederra erabili zuen, eta 35000 pezeta kostatu zen guztira. 1957an instrumentu hori koruaren erdialdera lekualdatu zen; hasieran, koruaren albo batean zegoen. 1986an Hernaniko Usabiaga Anaiek zaharberritu zuten, eta zabaldu egin zuten organoaren erregistro kopurua.
Eskuzko hiru teklatu ditu, 56 notakoak, eta pedalezko teklatu bat, 30 notakoa; guztira 36 erregistro ditu.