Está considerado como una obra maestra del apogeo de la organería barroca española. Fue construido por el organero Lorenzo de Arrázola vecino de Oñate (Gipuzkoa). Juan Antonio de Maíz y Joaquín Antonio de Berasategui fueron los escultores tallistas que ejecutaron la caja de acuerdo con la traza dispuesta por el organero citado. Su coste ascendió a 12.000 reales de vellón. En la fachada hay una inscripción que dice: LAUDATE DNM. IN TIMPANO & CORO LAUDATE EUM IN CORDIS & ORGANO.

Fue restaurado por José María Arrizabalaga en 1996. Dispone de un único teclado manual de 45 notas con octava corta (C-c´´´) y otro de Contras de 8 notas (C-H). Tiene 35 medios registros: 15 para los bajos y 20 para los tiples. Su temperamento está basado en la reconstitución de Herbert Anton Kellner de la afinación bien temperada de Bach. Es de destacar la existencia de un registro denominado Flautado de Ecos que funciona a la manera de lo que posteriormente evolucionó convirtiéndose en la caja expresiva de los órganos románticos.