Otro de los grandes órganos Cavaillé-Coll del territorio de Gipuzkoa más conocidos internacionalmente.

Si el Cavaillé-Coll de la Basílica de Santa María del Coro de San Sebastián representa el instrumento ideal para la interpretación de la música de César Franck, éste es el prototipo de órgano romántico-sinfónico. Coincide en ser además el último gran instrumento construido por el famoso organero, ya que un mes más tarde de su inauguración, la casa Cavaillé-Coll fue vendida a Charles Mutin. (Aristide Cavaillé-Coll muere en 1899).

Armonizado por Fernand Prince quien anteriormente había trabajado por la casa Stoltz frères en la armonización de los órganos de Bergara, Zumaia y Clarisas de Tolosa.  Está ubicado en el lado izquierdo del coro mirando al presbiterio, respetándose de nuevo el emplazamiento del antiguo órgano barroco.

También las medidas de los juegos y denominación de los teclados corresponden a las características del órgano barroco español, además posee los registros de Trompeta Armónica y Clarín Armónico del Organo Mayor que están en Batalla, continuando así de esta manera el peculiar homenaje que realiza este famoso organero a través de los órganos que instala en España a sus orígenes familiares y profesionales que tan vinculados estuvieron con Cataluña (su abuela, Maria Francisca Coll, era catalana) y el órgano barroco español. La caja es nueva diseñada por la casa Cavaillé-Coll. Fue restaurado por Gabriel Blancafort en 1976. Su coste ascendió a 60.000 pesetas.

Dispone de tres teclados manuales de 56 notas y uno de pedal de 30, con un total de 40 juegos.

I Teclado Flautado Mayor 26 Violón 26 Flautado 13 Violón 13 Salicional 13 Flauta Armónica 13 Octava 6 ½ Compuestas 4h. Cimbala 3h. Trompeta Magna 26 Trompeta Real 13 Clarin 6 ½ Trompeta Armónica 13 (en Batalla) Clarín Armónico 6 ½ (en Batalla)

II Teclado Quintatono 26 Principal 13 Violón 13 Unda Maris 13 Violón 6 ½ Dulciana 6 ½ Octavín Armº 3 ¼ Campanillas 3h. Trompeta 13 Fagot-Oboe 13

III Teclado Corno de noche 13 Flauta Travesera 13 Viola de Gamba 13 Voz Angélica 13 Flauta Octav. 6 ½ Octavín Armº 3 ¼ Trompeta Armª 13 Clarín 6 ½        Clarinete 13 Voz Humana 13

Pedal Contrabajo 26 Subajo 26 Bajo 13 Violón 13 Bombarda 26 Trompeta 13

Enganches: I/P;II/P;III/P,II/I;III/I;III/II. Trémolo I-II. Oct. Grav. III/I,I/I, Tempestad
Leng. I,P,Batalla. Ped. expresión al II y III. Teclados man. de 56 notas y pedal de 30.