Construido por  el organero Pedro Roqués de Zaragoza, costó 35.375 reales. Se trata de un instrumento interesante desde el punto de vista histórico ya que en el mismo se aprecian elementos del barroco tales como la persistencia de la mayor parte de los registros partidos, Trompetería de Batalla, una disposición sonora de tipo clásico y una decoración de los tubos de madera con rostros característica del barroco. Junto con  los citados elementos, aparecen otros que posteriormente van a convertirse en propios del órgano romántico, entre los que merece la pena destacarse la consola separada, la aparición de registros enteros, una palanca para hacer sonar o anular la Lengüetería  y otra para accionar la caja expresiva. Es interesante señalar que  en 1856, seis años antes de la inauguración de este instrunento, se instalaba el primer órgano romántico de España, en Lekeitio (Bizkaia, País Vasco) y al año siguiente (1863), se inauguraba el  gran Cavaillé-Coll de la iglesia (hoy Basílica) de Santa María del Coro de San Sebastián.

Fue restaurado en 1984 por José Antonio Azpiazu.