En 1897 Aquilino Amezua firma el contrato para la construcción de un nuevo órgano en el que se aprovecha la hermosa caja del primitivo órgano barroco, con un coste de 35.000 pesetas. En 1957 este instrumento es trasladado a la parte central del coro desde su emplazamiento anterior a un lado del mismo. En 1986 es restaurado por los Hermanos Usabiaga de Hernani ampliándose el número de sus registros.

Dispone de tres teclados manuales de 56 notas y uno de pedal de 30, con un  total de 36 juegos.