El organero Federico Acitores ha utilizado en la reconstrucción de este instrumento parte de la tubería instalada en épocas anteriores por José Antonio Oria (1859), Puignau y Olaciregui (1935) y Organería Española (1965). En este proceso, se han aprovechado 853 tubos antiguos y se le han incorporado al órgano 1.152 tubos nuevos.
El órgano funciona por transmisión mecánica tanto en notas como en registros. Dispone de tres teclados manuales de 61 notas (Do1-do5) y uno de pedal de 30 notas (Do1-fa3). El órgano posee en total un conjunto de 32 juegos reales.
Con este instrumento, Federico Acitores ha querido continuar con la tradición sinfónica presente en tantos órganos ubicados en el País Vasco, siguiendo la escuela establecida primeramente por organeros franceses como A. Cavaillé-Coll y mantenida posteriormente por organeros vascos como Aquilino Amezua, Lope Alberdi, Puignau y Olaciregui, Eguiguren, etc.
Otra característica muy importante que diferencia a este órgano de la parroquia San Nicolás de Bari de Orio, es su función didáctica. Se trata de un instrumento excepcional en cuanto a las posibilidades que ofrece de poder visitar su interior, pudiéndose acceder desde el mismo fácilmente a todas sus partes vitales y a su sistema de funcionamiento.
La caja del órgano presenta un diseño innovador y bello que evoca a través de sus líneas estructurales y decorativas el espíritu marinero de la villa de Orio.
