Instrumento conocido internacionalmente por ser considerado como uno de los más apropiados para la interpretación fidedigna de la música de César Franck. Los trabajos de instalación de este órgano fueron llevados a cabo bajo la dirección de Vincent Cavaillé-Coll hermano del famoso organero Aristide. Tuvo un coste de 228.275 reales. Consta de tres teclados manuales de 54 notas y uno de pedal de 27, con un total de 44 juegos de nueva construcción.

Está ubicado en el lado izquierdo del coro mirando hacia el presbiterio. El gran órgano y recitativo suenan en dirección hacia el otro lado del coro en tanto que el positivo suena en dirección hacia el altar mayor de la iglesia. La fachada corresponde al órgano barroco que estaba instalado anteriormente en el mismo lugar, aunque fue modificada parcialmente por Cavaillé-Coll para adecuarla a las necesidades del nuevo instrumento.

Una peculiaridad de este órgano (y de otros construidos por el mismo organero en España) es el respeto que muestra el organero hacia las características propias del órgano barroco español en varios aspectos. Por un lado, Cavaillé-Coll decide respetar el emplazamiento del primitivo órgano barroco a un lado del coro, por otro, decide denominar a los teclados como Organo Mayor, Cadereta o Ecos tal y como se hacía con los antiguos instrumentos, finalmente opta por  cifrar la medida de los juegos en palmos y no en pies también con el mismo criterio. Se podría entender que todo ello forma parte de una especie de homenaje que realiza este organero al órgano barroco español tan vinculado en sus orígenes con él y su familia.

Aunque el pedal de expresión está colocado en el centro de la consola como suele ser habitual, originalmente la caja expresiva funcionaba por medio de una palanca metálica colocada a la derecha de la consola.

Llama la atención de este órgano la dulzura y belleza de su sonido.