Hijo del organero Juan de Amezua, nace en Azpeitia (Gipuzkoa). Su juventud transcurre en medio de las vicisitudes del final del órgano barroco español que coincide con la instalación de los primeros órganos románticos franceses en el País Vasco. Esta circunstancia le influirá de forma importante en su vida. Se forma con Stoltz en París y más tarde con Garn en Inglaterra. A Aquilino Amezua se le puede considerar el iniciador del órgano romántico español.
Este interesante instrumento que se halla en estado original, corresponde a su última época organera. Se inauguró el 11 de noviembre de 1911, un año antes de su fallecimiento.
Dispone de dos teclados manuales de 56 notas y uno de pedal de 30, con un total de 24 juegos. Sistema mecánico-neumático. El pedal expresivo para todo el órgano revela la estética característica del órgano postromántico.
